AI 스타트업 2,559곳 세정지원…‘5년·지역·신청’ 따라 혜택 갈린다

중소벤처기업부와 국세청이 12일 중기부 지원사업에 선정된 인공지능(AI) 중소·스타트업 2,559곳에 세정지원을 연계한다고 밝혔다. 지원 기간은 2026년 10월 1일부터 2028년 2월 28일까지다. 다만 ‘AI 기업’이라는 이유만으로 같은 혜택을 자동 적용받는 구조는 아니다. 중기부 사업 선정 여부, 창업 후 경과 기간, 소재지, 납세자의 신청 여부에 따라 지원 방식이 달라진다.

2,559곳의 출발점은 ‘20개 중기부 사업’

이번 대상은 기업이 스스로 AI 기업이라고 신고해 들어가는 공개 모집 명단이 아니다. 중기부가 올해 20개 사업에서 지원한 기업 명단을 국세청과 공유하고, 국세청이 이를 바탕으로 세정지원 대상을 확정하는 방식이다. AI 모델·서비스 개발뿐 아니라 AI 응용제품 상용화, 스마트공장, 우대보증, 딥테크 창업, 글로벌 액셀러레이팅 등이 연결 고리다.

20개 사업에는 중소기업 기술혁신개발, AI 응용제품 신속 상용화, 초기·창업도약패키지 딥테크 특화형, 글로벌기업 협업프로그램, 팁스(TIPS), 초격차 스타트업 프로젝트 등이 포함됐다. 따라서 중기부 사업에 선정되지 않은 AI 기업은 이번 2,559곳 연계 대상에 자동으로 포함된다고 볼 수 없다. 발표문은 양 기관 협의에 따라 대상 사업이 확대될 수 있다고 여지를 뒀다.

‘선정 제외’와 ‘유예’는 같은 말이 아니다

창업 5년 이내 AI 스타트업은 정기 세무조사 대상 선정에서 제외된다. 반면 그 밖의 AI 중소기업은 납세자가 신청해야 세무조사 착수 예정일부터 2년간 유예된다. 지방 소재 기업의 유예 기간은 3년이다. 발표문상 창업 연차는 ‘창업일부터 5년 이내’로 제시됐지만, 지방 소재지의 세부 판정 기준과 유예 신청 서류는 별도로 확인해야 한다.

이 조치는 모든 세무 검증을 없애거나 세법 위반 책임을 면제하는 제도가 아니다. 국세청은 ‘명백한 탈루 혐의가 없는 경우’에 신고내용 확인 대상에서도 제외한다고 조건을 달았다. 신고내용 확인은 법인세 신고 뒤 불성실 신고 혐의 법인에 서면으로 적정 여부를 확인하는 절차다. 정기조사 부담을 낮추는 지원과 탈루 혐의에 대한 검증은 구분해야 한다.

현금 지원보다 중요한 두 번째 축

세정지원은 조사 일정에만 머물지 않는다. 연구·인력개발비 세액공제 사전심사와 법인세 공제·감면 컨설팅을 우선 처리하고, 납부기한 연장·납세담보 면제·압류와 매각 유예·경정청구 우선 처리·법인세와 부가가치세 환급금 조기 지급으로 유동성을 지원한다. 홈택스 전용상담과 전국 세무서 법인세과의 전용창구도 포함됐다.

특히 연구개발비가 큰 AI 스타트업에는 사전심사의 실무 가치가 있다. 국세청 안내에 따르면 이 제도는 비용을 세액공제에 반영하기 전에 연구·인력개발비 해당 여부를 미리 심사해 달라고 요청하는 절차다. 홈택스, 우편, 세무서 방문으로 신청할 수 있고 원칙적으로 법인세 또는 소득세 과세표준 신고 전에 접수해야 한다.

그러나 우선 처리와 공제 인정은 같은 뜻이 아니다. 국세청의 AI 기업 세제 안내는 중소기업 일반 연구개발비 공제율을 당기분 방식 25%, 증가분 방식 50%로 제시하지만, 연구소 또는 전담부서와 연구전담요원 요건을 갖춰야 한다. 정부 출연금으로 지출한 금액은 공제에서 제외되고 기업의 자체 민간부담금은 가능하며, 행정업무나 다른 부서 업무를 겸한 연구원의 인건비도 제외될 수 있다.

지원기업이 지금 확인할 네 가지

첫째, 회사가 20개 연계 사업 중 어느 사업의 선정기업으로 국세청에 전달됐는지 확인할 필요가 있다. 둘째, 창업일을 기준으로 5년 이내인지와 사업자 변경·법인전환 등이 연차 판단에 어떤 영향을 주는지 관할 세무서에 확인해야 한다. 셋째, 정기조사 유예 대상이라면 자동 적용으로 단정하지 말고 신청 시점과 접수 사실을 남겨야 한다.

넷째, 연구개발비 공제를 준비한다면 지원 대상 확정과 별개로 연구개발계획서·보고서·연구노트, 연구원 업무분장표, 급여대장, 과제별 재료비 내역 등 증빙을 갖춰야 한다. 국세청은 연구노트 등 증거서류를 해당 과세연도 종료일부터 5년간 보관하도록 안내한다. 세무조사 부담을 덜어주는 기간일수록 회계와 연구 기록을 느슨하게 해도 된다는 의미는 아니다.

기존 4,800곳 지원에서 ‘사업 연계형’으로

국세청은 2025년 10월에도 중기부와 관련 협회의 협조를 받아 약 4,800개 AI 중소기업에 정기 세무조사 제외·유예 등 지원을 시행했다. 이번 2,559곳 조치는 지난해 12월 중기부·국세청 업무협약의 후속으로, 중기부의 R&D·사업화·금융·창업·글로벌 진출 사업과 국세청 지원을 기업 단위로 연결한 것이 차이다.

정책 성과를 판단하려면 대상 기업 수만 볼 수 없다. 실제 유예 신청 건수, 사전심사 처리 기간, 조기 환급 규모, 지원기업의 생존·매출·투자 변화가 뒤따라 공개돼야 한다. 대상 기업 입장에서는 ‘세무조사를 안 받는다’는 한 문장보다 지원 자격, 신청이 필요한 항목, 예외 조건, 증빙 의무를 구분하는 것이 먼저다.

참고 자료

• 중기부·국세청, 2,559개 AI 중소·스타트업 집중 지원 — 중소벤처기업부·정책브리핑(2026년 10월 12일)
• 중기부·국세청, 2,559개 AI 중소·스타트업 집중 지원 — 국세청(2026년 10월 11일)
• AI 기업을 위한 세제혜택 안내 — 국세청(열람일 2026년 10월 16일)
• 연구인력개발비 세액공제 사전 심사제도 — 국세청(열람일 2026년 10월 16일)
• 4800여개 韓 AI 중소기업, 정기 세무조사 제외·유예된다…“AI 3대 강국 도약 지원” — 지디넷코리아(2025년 10월 24일)