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발행일: 2026.10.19 (월)
경제

창업부터 적자 대응까지…중소기업 단계별 세제 혜택 가이드

국세청이 창업부터 투자, 경영 위기 단계별 중소기업 세제 지원 제도를 안내했다. 창업 세액 감면부터 결손금 소급공제까지 기업 상황에 맞는 조세 혜택을 확인할 수 있다.

창업부터 적자 대응까지…중소기업 단계별 세제 혜택 가이드
흰색 옷을 입은 여성이 잡지를 들고 스튜디오에 서 있다. (사진=국세청 유튜브 영상 캡처)

중소기업을 운영하는 과정에서는 창업 단계부터 설비 투자, 그리고 예기치 못한 경영 위기에 이르기까지 다양한 시기에 세금 부담을 마주하게 된다. 국세청이 전한 정보에 따르면, 정부는 중소기업의 지속 가능한 성장을 돕기 위해 사업 단계별로 차별화된 조세지원 제도를 운영하고 있다.

창업부터 안정적 운영까지, 업종과 지역에 따른 세액 감면

사업 초기 단계에 있는 창업중소기업은 법인세 또는 소득세 감면 혜택을 받을 수 있다. 창업 후 첫 소득이 발생한 해부터 최대 5년 동안 적용되며, 감면율은 창업 지역, 청년 창업 여부, 업종 등 요건에 따라 최소 25%에서 최대 100%까지 차등 적용된다. 여기에 일정 수준의 고용 증가 요건까지 충족할 경우 추가적인 감면 혜택도 가능하다.

이미 사업이 안정기에 접어든 기업이라면 '중소기업 특별세액감면' 제도를 검토할 수 있다. 이는 기업의 규모와 소재지, 업종에 따라 연간 법인세 또는 소득세의 5%에서 30%를 감면해 주는 제도다. 기업이 처한 구체적인 상황에 따라 적용 요건이 달라지므로 사전에 확인이 필요하다.

기술 개발과 설비 투자 확대를 위한 세액공제 제도

기업이 미래 성장 동력을 확보하기 위해 연구개발(R&D)이나 설비 투자를 진행할 때도 지원책이 마련되어 있다. 연구·인력개발비 세액공제는 당해 연도 지출액을 기준으로 공제받거나, 직전 연도 대비 증가분을 기준으로 공제받는 방식 중 선택할 수 있다. 방식에 따라 당해 연도 지출액의 25% 또는 증가분의 50%를 공제받을 수 있다.

기계 장치나 설비 등 사업용 자산에 투자하는 경우에는 '통합투자세액공제'가 적용된다. 다만, 공제 대상 여부와 구체적인 공제율은 투자하는 자산의 종류, 기업의 규모, 투자 시점 및 적용 분야에 따라 달라진다.

경영 악화로 인한 적자 발생 시 '결손금 소급공제' 활용

경기 침체 등으로 인해 이익보다 손실이 큰 적자 상황이 발생했을 때는 '결손금 소급공제' 제도를 활용해 세금 부담을 덜 수 있다. 이 제도는 당해 연도에 발생한 결손금을 직전 사업연도의 소득과 상계하여, 이미 납부했던 세금의 일부를 환급받을 수 있도록 하는 제도다.

다만 모든 기업이 대상은 아니다. 직전 사업연도에 과세 소득이 있어 실제로 세금을 납부한 이력이 있어야 하며, 법정 요건과 신청 기한을 반드시 준수해야 한다. 국세청은 기업이 맞춤형 혜택을 확인할 수 있도록 국세상담센터(국번 없이 126번)를 통한 상담 서비스를 제공하고 있다.

민생 직결 분야 탈세 의심 기업 대상 특별 세무조사 실시

한편, 국세청은 최근 물가 상승을 빌미로 부당하게 가격을 올리거나 세금을 탈루하는 행위에 대해 엄정 대응 방침을 밝혔다. 국세청은 농·축산물, 가공식품, 프랜차이즈, 배달 플랫폼 등 민생과 직결된 41개 기업을 대상으로 특별 세무조사에 착수했다. 조사 대상 기업들의 탈루 의심 금액은 약 1조 원 규모에 달하는 것으로 파악됐다.

조사 대상에는 식료품 가격과 직접 연결된 농·축산물 분야의 사례도 포함됐다. 영상에 따르면 일부 계란 생산자는 매출 기록을 남기지 않기 위해 무자료 거래를 요구하거나, 소득 신고를 피하기 위해 비사업용 계좌로 판매 대금을 수령한 혐의를 받고 있다. 또한 산란계용 병아리를 시장 가격보다 낮은 가격으로 공급해 가족 소유의 별도 법인으로 수익을 분산하거나, 지방자치단체의 보조금을 소득으로 신고하지 않은 의심 사례도 조사 대상에 올랐다.

식품 기업들의 경우, 원재료비와 물류비 상승을 이유로 제품 가격을 인상하면서 계열사가 부담해야 할 비용을 제품 원가에 포함해 법인세를 줄이려 한 혐의를 받고 있다. 프랜차이즈 본사 중에는 직원 명의로 가맹점을 운영해 소득을 분산하거나, 수억 원대의 슈퍼카를 법인 명의로 구입해 개인 용도로 사용한 의심 사례도 조사 중이다. 배달 플랫폼 기업은 할인 쿠폰 등 판촉 비용을 수수료나 광고비 명목으로 가맹점(음식점, 슈퍼마켓 등)에 전가하고, 국내에서 발생한 수익 1조 원을 해외 모회사로 이전하며 세금을 탈루한 혐의를 받고 있다.

국세청은 이번 조사에서 가격 인상의 근거가 된 생산 및 유통 비용이 적절했는지, 거래 상대방과의 거래가 정상적으로 이루어졌는지를 집중적으로 확인할 계획이다. 국세청 관계자는 만약 차명 계좌를 통한 소득 은닉, 허위 세금계산서 발행, 명의 대여 등 조세범 처벌법 위반 혐의가 확인될 경우 이를 조세범 처벌 사건으로 전환해 엄정하게 대응할 방침이라고 밝혔다. 또한 먹거리, 의류, 주거 등 국민 생활과 밀접한 분야의 탈세 행위를 지속적으로 모니터링할 계획이다.

출처: 국세청 유튜브 「창업부터 투자, 적자까지! 중소기업이 챙겨야 할 세제 혜택 [국세매거진] #국세청 #세금 #절세」

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한경수
트렌드경제신문 · 기자

트렌드경제신문에서 경제 분야를 주로 취재합니다. 기업소식, 금융 기사도 함께 씁니다.

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